隨著《工廠輔導管理法》部分條文的三讀修正通過，農地不得再新設工廠,而現行已存在的農地工廠，須在2年內申請納管、3年內提工廠改善計畫，10年內取得「特定工廠登記」，有效期限為20年止。
「臨時工廠登記」輔導期限將於2020年6月2日到期,取而代之的是「特定工廠登記」相較於臨時廠登有更嚴謹時程。 預料全台農地未登記工廠及臨時登記工廠，將引發納入管理及申請特定工廠登記潮。
低汙染農地工廠:
2年內申請納管 (若沒申請納管則依法停水,電及拆除)
3年內提工廠改善計畫
10年內取得「特定工廠登記」
20年輔導合法化(臨時工廠登記優先輔導合法)
* 無特定工廠登記也會影響外勞申請相關資格
中高汙染農地工廠:
政府應輔導轉型、遷廠或關廠，拒不配合依法停止供電、供水及拆除。
特定工廠登記與申請外勞問題
一、109 年 6 月 2 日前取得特登之業者，以特登向勞動機關辦理續聘外勞。
二、109 年 6 月 2 日前申請特登但未獲准駁之業者，可持地方政府核發之受理證明文件向 勞動機關申請續聘外勞，許可效期至 111 年 3 月 19 日止。
三、109 年 6 月 3 日後始申請轉換特定工廠登記之業者，因原聘僱外勞許可失效，待業者 申請特登後，同上可持受理申請證明文件重新申請聘僱外勞之審核。
備註 :
取得特定工廠後有以下限制 :
1.不得變更隸屬之事業主體
2.不得變更負責人或合夥人。
3.不得增加廠地、廠房及建築物面積
4.不得增加或變更為中高污染產業類別及主要產品
5.不得轉供他人設廠
6.不履行附加之負擔
7.申請納管者每年繳交納管輔導金至取得特定工廠登記為止
8.特定工廠每年繳交營運管理金，至合法為止
